审慎的研究表明：生物燃料的应用可以代替石油燃料的燃烧，从而补偿一部份因燃烧石油燃料而排放出来的温室气体（GHG）。但是，要量化这部分补偿十分复杂。然而，最近的研究分析揭示出：与气油和柴油的存在周期相比较，乙醇（酒精）和生物柴油能够补偿多于40%的温室气体排放，具体数字因原料不同而异。
这项由美国可罗拉多州立大学的William Darton和美国农业部的Stephen Del Gross共同完成的研究提供了一个量化的理论基础，以计算多少谷物才可以缓和使气候发生变化的温室气体的排放。
倡导生物燃料的学者认为：生物燃料的燃烧完全不会排放出温室气体，这是因为它们使碳元素反复循环，在谷物生长的过程中消耗碳而在作为燃料燃烧的过程中又重新把碳释放出来。这些被释放出来的古老的碳其实是植物在很久很久之前吸收的。然而，谷物生长的过程中需要能量，待收成之后，这些谷物又转化为有用的燃料，从而释放出能量。以更接近的说法而言，在植物生长的过程中，二氧化碳可能分散在土壤中，因而可以减少温室气体的聚集。但是就长远而言，土壤储存二氧化碳的能力是有限的，因而不可以储存太多的碳。至于土壤对碳的吸收作用，其实主要就是依靠诸如木质素和蛋白质这样的物质。这些物质是产生生物燃料的同时出现的共同产物。它们能够将温室气体的排放转移到土壤中，令碳或温室气体“消失”。通过以生物燃料取代对石油燃料的需求，这些共同产物即能够从大气中“除去”二氧化碳。如今，这个新技术正在加以发展，以从生物质中提取更多的这种共同产物，这样使二氧化碳“消失”的功效就会有所增加。