管理体制没有理顺，“四无”水电站屡禁不止。1998年机构改革时，江西省水利部门原有的水电管理职能划给江西省经贸委。但在江西省经贸委的机构“三定”方案中，并没有水电管理这项职能，再加上水电相对其它行业规模偏小难被重视，因而造成了水电建设的管理缺位。目前，水利部门负责对水电站的行业指导，经贸委承担水电管理职能，发改委负责对水电项目建设的审批，电力公司负责水电站电力的调度使用，没有一个相对统一的业务管理部门。由于管理体制没有理顺，近年来“四无”水电站(即无批准、无验收、无设计、无管理)屡禁不止。无序开发使得一些地方近半水电资源无法再利用。
水电建设缺乏整体规划，电站和电网难配套。国家电网江西省电力公司计划处介绍说，在现行体制下，水电前期建设和电能上网分割开来，电力公司虽然负责调度水电上网，但事前并不掌握水电站的选址、设计装机规模和建设等情况。因为缺乏总体规划，水电站布点和规模缺乏与现有电网的科学配套，所以一些水电无法有效接入主干网，造成资源和投资的浪费。
小水电站上网价格较低，发展后劲不足。江西水电上网电价由物价部门核定，一站一价。目前大型水电站多有电力部门参股，电价尚可。而小水电则是以农民或其它社会资本集资建设和管理，小水电站业主普遍对上网价格偏低不满，他们认为上网价低使得电站设备的正常维护都难以维持。萍乡市小水电行业协会介绍，目前当地一些小水电定价不足0.20元/度，价格一定10年不变，与电网卖给居民用户的0.60元/度标准相差甚远，一些农村水电站甚至被规定“深夜23时至凌晨5时严禁上网”。萍乡市大部分水电站亏本，用低工资、无福利、不参保、不提取折旧费、不更新改造甚至借款等手段来维持生产运行。
直接供电政策不明朗，引发水电站与电力部门矛盾。在水电发达的江西铜鼓县，小水电上网价格是0.21元左右/度，扣除无功发电等因素，只能合到0.16元/度。为寻找生存空间，铜鼓县国有的水电发电公司采取向本地部分企业直接供电的办法，直供电的电价是0.33元/度，如果企业要从电网买电价格则超过0.6元/度。而在毗邻广东的寻乌县，部分私营水电站业主建设了两条输电线路，以大大高于本地上网价的价格跨省向广东一些企业直接供电，但已被当地电力部门禁止。
国家电网江西省电力公司则表示，直供电不符合电力法精神。江西各地电力部门纷纷要求水电站停止直供电行为。在铜鼓，甚至通过政府行为迫使水电站停止直供电。而江西省水利厅农电局称，国家关于电力体制改革的文件中，鼓励电力企业向大用户直接供电。直供电政策的不统一，造成水电站与电力部门形成难以调和的矛盾。
规范水电发展 发挥小水电经济和社会效益
为确保小水电的健康发展，将其建设成为地方上有效的后备能源库，众多专家提出了一些完善小水电发展的对策和扶持措施。
专家建议将水电纳入清洁能源补贴范围，将小水电建设纳入国民经济整体发展中考虑，用优惠政策有效引导水电发展，促使小水电作为国家后备战备能源出力。江西省水利厅厅长孙晓山介绍，《中华人民共和国可再生能源法》已将水电列为清洁可再生能源，但对小水电的发展却一直缺乏相应的资金扶持措施。
为统一价格，加强小水电所在区域电网电站建设，提高地方电网抗打击能力，赖华添等人建议，政府要适当提高水电上网电价，真正实行同网同价；允许小水电就近供电、余电全额上网，支持小水电借网过路，国家电网按成本收取过网费，体现发展清洁能源的重要性；在小水电水工建筑物、电力设备、输电线路的设计选型时，适当提高设计标准，增强工程自身抗灾能力。