JI项目活动涉及的机构包括：议定书缔约方会议、发达国家参与JI项目的政府、第六条下的监督委员会、独立实体以及项目参与实体。这些机构在JI项目的执行过程中发挥各自不同的作用。现简述如下：
缔约方会议：这是对JI进行指导的最高权力机构，其可以就JI的任何问题作出决议。
参与JI的发达国家政府：负责制订本国参与JI的政策和规章，审批本国参与的JI项目。
第六条监督委员会：由十个成员和十个候补成员组成。它在缔约方会议指导下行使一系列职能：根据有关标准和程序任命独立实体；起草和审评独立实体的任命标准和程序，并视情况向缔约方会议提出修改建议；审评和修订关于项目基准线和监测的指南和标准；编写JI项目设计书供缔约方会议审批；等等。
独立实体：由第六条监督委员任命，并且必须满足包括经济、技术和技能方面的要求。它的主要职能是评估一个JI项目及其产生的减排量是否满足如下要求：项目是否获得缔约方的批准；项目是否产生了额外的温室气体减排或者碳汇吸收；项目的基准线及监测计划是否符合有关要求；项目是否进行了环境影响评价等。
项目参与实体：主要是实施具体项目的公司。其将负责提出项目合作计划、项目合作谈判、按照要求编制项目设计文件、提交项目文件给政府审批、提交项目文件给独力实体审查其合格性要求。