中国小水电建设的政府归口管理部门是国家水利部。国家水利部作为业务主管部门也具有对小水电的行业管理权。国家水利部专门设立了水电及农村电气化司归口负责全国小水电资源的规划、建设和管理等行业领导工作。自上而下小水电管理机构十分健全，各省、地、县都设有相应的小水电管理机构，代表各级政府负责本区域小水电的规划、设计审批、建设管理和其他工作。
另外，国家水利部、地方水利厅（局）都设有水电规划设计院和科学研究院（所），负责流域、具体项目的规划、设计和新技术、新工艺的研究工作。小水电建设项目的立项，根据资金来源、规模大小等，分别由各级计委会同各级水利部门审批。项目的设计审批和建设管理工作，分别由各级水利部门归口管理。 摘自 国家经贸委可再生能源发电及热利用研究项目组．中国可再生能源技术评价．